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Software for motif discovery and next generation sequencing analysis

HOMER (Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment) is a suite of tools for Motif Discovery and ChIP-Seq analysis. It is a collection of command line programs for unix-style operating systems written in mostly perl and c++. Homer was primarily written as a de novo motif discovery algorithm that is well suited for finding 8-12 bp motifs in large scale genomics data.

Hardware Requirements (recommended): 2+ Gb memory (4-8+ Gb), 10+ Gb Hard Drive space (50+ Gb)
Software Requirements: Unix compatible OS (or cygwin), perl, gcc, make, wget (optional for full functionality: R, DESeq2, blat, bedGraphToBigWig, liftOver)
License: GPLv3

HOMER works on pretty much any Linux/UNIX systems, including MacOS (if Xcode compilers are installed) and on Windows using either cygwin or a Linux subsystem.

If you are looking specifically for HOMER2, you are in the right place! HOMER2 is integrated into HOMER.

Full Program Download

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These tutorials from Excel Hecho Fácil demonstrate advanced techniques for maximizing efficiency and mastering complex data structures: This is THE TOOL I DISCOVERED to Maximize Excel Efficiency 9K views · 3 years ago YouTube · Excel Hecho Fácil

El verdadero arte de "Excel Hecho Fácil" no consiste en armar archivos hipercomplejos que solo tú entiendas. El verdadero éxito radica en que cualquier miembro de tu equipo pueda operar. Un libro de Excel exitoso es aquel que automatiza el trabajo pesado para dejarte tiempo libre para lo más importante: analizar los resultados y proponer mejoras.

(Principiante, Intermedio, Avanzado)

no se trata solo de aprender a sumar celdas. Se trata de cambiar la mentalidad: ver a Excel como un aliado , no como un enemigo. El objetivo es desglosar conceptos complejos en pasos sencillos, permitiendo que cualquier persona, desde principiantes hasta usuarios intermedios, automatice tareas y analice datos de manera eficiente. Los Pilares del Éxito con Excel

Excel, en esencia, es mucho más sencillo de lo que parece. Se trata de organizar información en filas y columnas, y luego aplicar operaciones lógicas a esos datos. Una vez que comprendes esta premisa fundamental, el camino hacia el éxito con Excel se vuelve mucho más claro. excel hecho facil %C3%A9xito

no es saber cientos de funciones, sino dominar 15 herramientas clave y aplicarlas a problemas reales. Con 10 horas de práctica guiada, cualquier persona puede lograr éxito en tareas de oficina, estudio o negocio.

Write in Spanish, with correct grammar. Target audience: Spanish speakers, beginners to intermediate. Length: around 1500+ words. These tutorials from Excel Hecho Fácil demonstrate advanced

: Learning how to organize data correctly using Excel Tables, which prevents common errors in later analysis.

Program Components and Older Versions

homer2 program - key executable for HOMER motif discovery (homerCppOnly.*.zip). (This archive actually contains all of the c++ executable, not just homer2). Unzip in the desired directory and simply type "make" to compile the program.

The configuration script really doesn't deal with older versions, but you can download older versions yourself should you really feel like using inferior data or software!

Old Versions of HOMER Software
Old Versions of Organism Packages
Old Versions of Promoter Packages
Old Versions of Genome Packages

Update Information

Change Log - Short description of recent changes

update.txt - Current HOMER configuration list (Currently support human hg17/hg18/hg19, mouse mm8/mm9, rat rn4, X. tropicalis xenTro2, drosophila dm3, and C. elegans ce6, Zebrafish danRer7, yeast sacCer2, Arabidopsis tair10, Rice msu6, Pombe ASM294v1)

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cbenner@ucsd.edu